A matéria orgânica (MO) seria formada de organismos, resíduos de vegetais e de animais, em decomposição. A matéria orgânica do solo é a principal reguladora da CTC do mesmo. O carbono (C) orgânico participa com 58% na composição da matéria orgânica do solo. Para se obter o teor de MO%, multiplica-se o teor de carbono por 1,724. Dividindo-se o teor de carbono por 20 teremos uma estimativa do teor de nitrogênio (N) no solo. Os solos contêm carbono cerca de duas vezes superior a da atmosfera e cerca de três vezes superior à presente na vegetação. A decomposição da matéria orgânica do solo libera CO2 para a atmosfera, e desta é absorvida, novamente, para formar a matéria orgânica.
Uma camada de 0-30 cm de solo leva de mil a dez mil anos para se formar, segundo Harbeli et al. (1991). A fertilidade do solo depende de um conjunto de processos de natureza física, e outros de natureza química. As principais causas desfavoráveis ao solo são: a erosão, a mineralização da MO, a impermeabilização, a compactação e a salinização. A matéria orgânica dá vida ao solo. Sem MO, viva ou morta, o solo não tem condições de promover o desenvolvimento de uma lavoura. A MO, a partir das substâncias húmicas, mantém um solo bem estruturado e com uma distribuição equilibrada das partículas (areia, silte, argila), com o aparecimento de poros onde a água e o ar são armazenados, constituindo um meio ideal para o desenvolvimento do sistema radicular, e das plantas. Através dos ácidos fúlvicos, a matéria orgânica aumenta a CTC do solo proporcionando uma maior retenção de cátions, como K, Ca, Mg, evitando que sejam lixiviados, e suprindo as plantas de nutrientes, através da solução do solo. A MO, através dos resíduos vegetais que cobrem o solo, forma uma barreira ao impacto das águas da chuva, evitando enxurradas e protegendo-o contra a erosão causada por elas. As minhocas, as raízes mortas, que compõem a MO do solo, fazem com que apareçam túneis que facilitam o escoamento (drenagem) da água e a movimentação do calcário para as camadas mais profundas do solo. A MO, através dos ácidos húmicos, oxálico e málico, age na disponibilização de fósforo (P) para as plantas. Os fungos presentes na MO, associados às raízes das plantas, melhoram a eficiência das mesmas em absorver o P do solo. Através das raízes de plantas usadas como adubos verdes, como ervilhaca, tremoço, a matéria orgânica rompe as camadas de solos compactados.
O perfil de um solo é constituído de camadas chamadas "horizontes", que são formadas a partir da modificação do material original, pela ação do intemperismo, com diferentes colorações de acordo com o grau de hidratação do ferro, dos teores de cálcio e óxidos de silício, e do teor de matéria orgânica nas camadas superficiais do solo. De uma Região para outra, observam-se diferentes tipos de solos. Os solos tropicais são mais profundos, mais quentes, contêm mais alumínio, apresentam baixa CTC, rapidez na decomposição da matéria orgânica, maior absorção de água, maior lixiviação de cátions e teores de MO de até 2%, em relação aos solos temperados.
A matéria orgânica do solo melhora as propriedades físicas, químicas e biológicas de um solo. Apresenta uma grande variação entre os diferentes tipos de solos: desde menos de 1% até valores extremamente altos (solos orgânicos). A MO tem papel preponderante no aquecimento do solo, no suprimento de nutrientes para as plantas, na estabilização da estrutura do solo e no aumenta da permeabilidade.
As perdas de solo são variadas, e as causas vão desde a adoção de práticas agrícolas inadequadas, desmatamento, excesso de pastoreio, que fazem com que a cobertura vegetal desapareça, dando lugar a uma oxidação da matéria orgânica morta e, como consequência, a ação da erosão: água e vento. A MO do solo é uma fonte de nutrientes como N, P, S. Em solos secos e arenosos, a MO é muito importante, pois absorve água em quantidades superiores ao seu peso.
Vários são os fatores que contribuem para as perdas de matéria orgânica do solo:
Clima - a MO decompõe-se mais rapidamente quando as temperaturas são elevadas. Por isto é que os solos do clima quente contêm menos MO que aqueles do clima mais frio.
Textura do solo - os solos com textura fina contêm mais MO. Eles têm uma melhor retenção de água e de nutrientes fornecendo condições ideais para o desenvolvimento das plantas. Já os solos grosseiros são mais arejados e com uma decomposição mais rápida da MO, pela presença do oxigênio.
Drenagem - nos solos úmidos, por apresentarem menos oxigênio, dificultam a decomposição da MO que vai se acumulando.
Mobilização do solo - na mobilização do solo, a terra mistura o oxigênio do solo aumentando a temperatura média e acelerando a decomposição da matéria orgânica. A remoção das camadas superficiais e de húmus, pela ação da erosão, provoca perdas de MO.
Vegetação - as raízes das plantas são as grandes formadoras de MO do solo, pois se decompõem à profundidades maiores.
No sistema de plantio direto (SPD) há uma menor degradação do solo. Nos pomares, o plantio de espécies de adubo verde intercaladas, plantadas entre as linhas das árvores, é cortado no florescimento, e deixadas na superfície do solo. Na cafeicultura se utiliza como adubação verde, o lab-lab, a crotalária e a mucuna. Planta-se de uma a três linhas de adubo verde. Nas frutíferas é recomendada a adubação verde com hábitos rasteiros, pois as distâncias entre as plantas são maiores. Neste caso usa-se o amendoinzinho, mucuna, soja perene que oferecem controle às ervas daninhas, proteção à insolação e às temperaturas elevadas do solo. A temperatura do solo maior que 40 ºC prejudica o desenvolvimento radicular, a absorção de nutrientes, e a atividade dos microorganismos. Podem ser usados outros adubos orgânicos como húmus de minhoca, esterco de gado, aves e suínos, lodo de esgoto, restos de curtume, lixo sólido e vinhaça. Na cafeicultura utiliza-se muito a palha de café, que protege o solo contra a erosão e eleva os teores de MO do solo. Entretanto, estes resíduos são ricos em carbono e pobres em nitrogênio (N), contribuindo para uma relação C/N mais alta, que torna difícil e menos rápida a decomposição.
A complementação deve vir com a utilização de fertilizantes químicos. Para isto, o produtor deve consultar um técnico e fazer a análise do solo e dos produtos orgânicos, para ser estabelecida uma recomendação ideal a ser utilizada na lavoura.
A MO é a principal proteção à ação da erosão causada pela água, importante na formação e na estabilidade das partículas do solo, que são responsáveis pela estrutura do mesmo, além de permitir um melhor desenvolvimento do sistema radicular das plantas, fornecendo condições ótimas de aeração e umidade. Um solo bem estruturado resiste melhor à erosão, minimizando as perdas, e permitindo a melhor percolação da água através do seu perfil.
A revegetação é a forma mais eficiente, embora mais lenta, de acumular matéria orgânica num solo. Entretanto, em solos degradados, a revegetação torna-se impraticável. Neste caso, o aporte de MO externa seria condição essencial para recuperar este solo. Produtos como lodo de esgoto doméstico e de indústria, subprodutos da indústria do carvão e, até mesmo, da propriedade rural como, estercos de gado, aves e suínos. Os materiais orgânicos, que são mais rapidamente disponíveis à ação dos microorganismos, conferem, de forma mais rápida, a estabilidade dos agregados, mas sua ação é de curto período. Por outro lado, os materiais orgânicos que resistem mais à decomposição são mais lentos na estabilização de agregados, mas sua ação é duradoura.